Los embalses y las alteraciones hidrológicas producen una regresión de las especies autóctonas y la proliferación de las especies invasoras, las que viven mejor en ríos regulados o aguas sin corriente. Por lo tanto, la restauración del régimen hidrológico natural de cada río y la reducción de las extracciones de agua favorecería la recuperación de especies autóctonas. Esto implica gestionar los riegos de la agricultura y las derivaciones de caudal para la producción hidroeléctrica teniendo en cuenta las necesidades de los peces y los otros organismos acuáticos.

La solución a la falta de conectividad fluvial que causan las presas y azudes es un aspecto complejo. La instalación de dispositivos de paso para peces es una de las actuaciones posibles, pero a menudo son poco eficaces y muchas especies no pueden utilizarlos adecuadamente. Una alternativa mejor es la eliminación de infraestructuras obsoletas, pero también es una solución costosa y a veces no libre de efectos no deseados, como la dispersión de especies invasoras aguas arriba una vez eliminada la barrera.

La contaminación producida por el vertido de aguas residuales urbanas e industriales ha sido tradicionalmente uno de los principales problemas de nuestros ríos. Sin embargo, en general la calidad del agua ha mejorado bastante en los últimos años con la construcción de EDARs (estaciones depuradoras de aguas residuales). En los ríos donde la contaminación es aún un problema, habría que seguir mejorando los sistemas de depuración.

Las especies invasoras son de muy difícil erradicación, pero se pueden llevar a cabo proyectos de control de sus poblaciones, como ya se ha hecho en algunos lugares como el lago de Banyoles. También hay que extremar los esfuerzos para evitar que se hagan nuevas introducciones o aumente la dispersión de las especies ya introducidas.