Els embassaments i les alteracions hidrològiques produeixen una regressió de les espècies autòctones i la proliferació de les espècies invasores, les quals viuen millor en rius regulats o aigües sense corrent. Per tant, la restauració del règim hidrològic natural de cada riu i la reducció de les extraccions d’aigua afavoriria la recuperació d’espècies autòctones. Això implica gestionar els regs de l’agricultura i les derivacions de cabal per a la producció hidroelèctrica tenint en compte les necessitats dels peixos i els altres organismes aquàtics.

La solució a la falta de connectivitat fluvial que causen les preses i assuts és un aspecte complex. La instal·lació de dispositius de pas per a peixos és una de les actuacions possibles, però sovint són poc eficaços i moltes espècies no poden utilitzar-los adequadament. Una alternativa millor és l’eliminació d’infraestructures obsoletes, però també és una solució costosa i a vegades no lliure d’efectes no desitjats, com la dispersió d’espècies invasores aigües amunt un cop eliminada la barrera.

La contaminació produïda per l’abocament d’aigües residuals urbanes i industrials ha estat tradicionalment un dels principals problemes dels nostres rius. No obstant això, en general la qualitat de l’aigua ha millorat força els darrers anys amb la construcció d’EDARs (estacions depuradores d’aigües residuals). En els rius on la contaminació encara és un problema, caldria seguir millorant els sistemes de depuració.

Les espècies invasores són de molt difícil erradicació, però es poden dur a terme projectes de control de les seves poblacions, com ja s’ha fet en alguns indrets com l’estany de Banyoles. També cal extremar els esforços per evitar que es facin noves introduccions o s’augmenti la dispersió de les espècies ja introduïdes.